Детектив Конан: Джолли Роджер в глубине лазури

История рассказывает о юной девушке, которая с детства увлекается мистикой и мечтает стать журналисткой, специализирующейся на загадочных явлениях. Чтобы собрать материал для своих будущих статей, она переводится в новую школу, где ходит легенда о сверхъестественном существе. Вскоре героиня узнаёт, что в одном из туалетов школы обитает призрак. Несмотря на предупреждения одноклассников, она решает лично встретиться с этим духом, ведь для неё важнее всего раскрыть тайну и собрать уникальную историю.

Однако вместо страшного монстра девушка встречает мальчика по имени Ханако, который оказался призраком из-за трагической случайности. Он долгое время был одинок и не мог найти друзей среди живых. Главная героиня, несмотря на страх, решает поговорить с ним и постепенно узнаёт о его прошлом. Вместе они проводят время, делясь историями и переживаниями, что помогает им обоим забыть о своих проблемах и найти утешение в общении друг с другом.

Постепенно их дружба становится крепче, и девушка начинает видеть в Ханако не просто призрака, а настоящего друга. Она помогает ему справляться с одиночеством, а он, в свою очередь, открывает ей мир, полный тайн и загадок. Их история становится не только мистическим приключением, но и трогательной драмой о том, как даже в самых неожиданных местах можно найти поддержку и понимание. Вместе они учатся ценить каждый момент, несмотря на разницу между мирами живых и мёртвых.